针对浅层进化时间尺度比较研究的超保守元件 (UCEs) 靶向捕获与大规模平行测序
种群与进化
2017-03-28 v1
摘要
由于测序技术的重大进步，非模式生物的比较遗传学研究正在迅速变革。这些研究的一个限制因素是在进化上相距较远的一组分类群中鉴定和筛选同源位点。在此，我们评估了针对超保守 DNA 元件 (UCEs) 的基因组标记在浅层进化时间尺度分析中的有效性。利用序列捕获和大规模平行测序技术，我们为五种共分布的新热带雨林鸟类物种生成了 UCE 数据，在这五个物种中恢复了 776-1,516 个 UCE 位点。跨物种而言，53-77% 的位点是多态性的，平均每个多态性位点包含 2.0 到 3.2 个变异位点。我们进行了物种树构建、溯祖建模和物种界定，发现这五种共分布物种表现出不一致的谱系地理历史。我们还发现，从 UCEs 估算的物种树和分歧时间与从线粒体 DNA (mtDNA) 获得的结果相似。栖息于林下层的物种在屏障间的分歧时间更古老，包含更多的隐存种，并且相对于栖息于树冠层的物种表现出更大的有效种群大小。由于可以从广泛的分类群中获取同源 UCEs，它们在浅层进化时间尺度上具有多态性，并且能够以低成本快速生成，因此它们是研究浅层时间尺度进化模式和过程的有效遗传标记。
引用
@article{arxiv.1308.5342,
title = {Target capture and massively parallel sequencing of ultraconserved elements (UCEs) for comparative studies at shallow evolutionary time scales},
author = {Brian Tilston Smith and Michael G. Harvey and Brant C. Faircloth and Travis C. Glenn and Robb T. Brumfield},
journal= {arXiv preprint arXiv:1308.5342},
year = {2017}
}
备注
53 pages, 2 tables, 4 figures, 5 supplemental tables, 11 supplemental figures