通过结合粗粒度蒙特卡洛演化与全原子分子动力学研究 Villin Headpiece 折叠动力学
软凝聚态物质
2007-05-23 v1 统计力学
生物大分子
摘要
通过一种新方法研究了 Villin headpiece (HP36) 的折叠机制,该方法包含初始的粗粒度蒙特卡洛 (MC) 方案,随后在显式溶剂中进行全原子分子动力学 (MD) 模拟。MC 演化发生在简化的自由能景观中,允许高效选择略紧凑的结构,这些结构作为 MD 的可行初始构象。粗粒度 MC 结构表示通过一种“细化”重构算法与原子分辨率相连接。该两阶段策略用于选择和跟踪 HP36 的七种不同无关构象的动力学。在一个显著案例中,MD 轨迹迅速演化向折叠态,其核心区域的典型 RMS 偏差仅为 2.4 埃,整个结构的典型 RMSD 为 4.0 埃。对各种 MC-MD 轨迹的分析为理解折叠与错误折叠机制的细节提供了宝贵见解,尤其是关于局部与非局部相互作用在引导折叠过程中的微妙影响。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0412128,
title = {Study of the Villin Headpiece folding dynamics by combining coarse-grained Monte Carlo evolution and all-atom Molecular Dynamics},
author = {Giacomo M. S. De Mori and Giorgio Colombo and Cristian Micheletti},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0412128},
year = {2007}
}
备注
Revtex, 20 pages, 10 figures