活性细丝的模拟
软凝聚态物质
2012-02-29 v1 生物物理
摘要
我们提出了一种混合分子动力学/多粒子碰撞动力学模型，用于模拟一组自组装半柔性细丝和自由单体。此外，我们引入了一个蒙特卡洛方案来处理单体的添加（聚合）或移除（解聚），在适当的统计力学框架内满足细致平衡条件。这种基于蠕虫链的细丝模型旨在表示两端具有不同反应速率的平衡聚合物，例如在缺乏ATP水解和其他蛋白质情况下的自组装ADP-肌动蛋白细丝。我们报告了在平衡轨迹上细丝长度的分布以及相应的动力学涨落。讨论了将该方法推广到包含不可逆步骤（如ATP-肌动蛋白水解）的可能性。
引用
@article{arxiv.1202.6327,
title = {Simulations of living filaments},
author = {Mathieu Caby and Priscilla Hardas and Sanoop Ramachandran and Jean-Paul Ryckaert},
journal= {arXiv preprint arXiv:1202.6327},
year = {2012}
}
备注
18 pages, 10 figures, Accepted for publication in J. Chem. Phys