多价生物分子相互作用的无拒绝动力学蒙特卡罗模拟

多价生物分子相互作用的系统级动力学可以使用基于规则的动力学蒙特卡罗方法进行模拟，其中使用拒绝采样策略来生成反应事件。当模拟具有大生物分子复合物的聚集过程时，该方法效率低下。在此，我们提出了一种无拒绝方法来确定多价生物分子相互作用的动力学，并将该方法应用于模拟配体-受体相互作用的简单模型。模拟结果表明，在宽泛的参数范围内，无拒绝方法的性能等于或优于拒绝方法，并且在模拟广泛聚集的体系时，无拒绝方法效率更高。本文报道的无拒绝方法应有助于模拟多点位分子相互作用产生大分子聚集体的各种体系。