简洁 de Bruijn 图的空间高效合并
数据结构与算法
2020-09-10 v5
摘要
我们提出了一种新算法，用于合并 [Bowe 等人，WABI 2012] 中引入的 de Bruijn 图的简洁表示。我们的算法基于 Holt 和 McMillan [Bioinformatics 2014, ACM-BCB 2014] 的轻量级 BWT 合并方法。我们的算法与 Muggli 等人 [bioRxiv 2017, Bioinformatics 2019] 提出的针对同一问题的最先进工具具有相同的渐近代价，但工作空间使用量不到其一半。我们算法的一个新颖重要特性（现有工具中均未具备）是，它能在相同的渐近时间/空间界限内计算并集图的变阶简洁表示。
引用
@article{arxiv.1902.02889,
title = {Space-efficient merging of succinct de Bruijn graphs},
author = {Lavinia Egidi and Felipe A. Louza and Giovanni Manzini},
journal= {arXiv preprint arXiv:1902.02889},
year = {2020}
}
备注
Accepted to SPIRE'19