使用级联 Bloom 过滤器改善 de Bruijn 图的内存占用
数据结构与算法
2013-05-22 v2
摘要
de Bruijn 图在生物信息学中被广泛用于处理下一代测序数据。由于 NGS 数据集规模极大，紧凑地表示 de Bruijn 图至关重要，近期已有若干针对该问题的方法被提出。在本工作中，我们展示了如何减少文献 [3] 中使用 Bloom 过滤器表示 de Bruijn 图的算法所需的内存。与文献 [3] 的方法相比，我们的方法减少了 30% 至 40% 的内存需求，且对构建时间的影响微乎其微。同时，我们的实验表明，与文献 [3] 相比查询时间更优。据我们所知，这是 de Bruijn 图的最佳实用表示方法。
引用
@article{arxiv.1302.7278,
title = {Using cascading Bloom filters to improve the memory usage for de Brujin graphs},
author = {Kamil Salikhov and Gustavo Sacomoto and Gregory Kucherov},
journal= {arXiv preprint arXiv:1302.7278},
year = {2013}
}
备注
12 pages, submitted