从 H&M 到 Gap：轻量级 BWT 合并
数据结构与算法
2016-09-16 v1
摘要
最近，Holt 和 McMillan [Bioinformatics 2014, ACM-BCB 2014] 提出了一种简单且优雅的算法，用于合并一族字符串的 Burrows-Wheeler 变换。在本文中，我们展示了 H&M 算法可以被改进，从而在合并 BWT 的同时，也能合并最长公共前缀（LCP）数组。由于其操作方式，新算法被称为 Gap，它具有与 H&M 算法相同的渐近代价，且仅需额外空间来存储 LCP 值。
引用
@article{arxiv.1609.04618,
title = {From H&M to Gap for Lightweight BWT Merging},
author = {Giovanni Manzini},
journal= {arXiv preprint arXiv:1609.04618},
year = {2016}
}
备注
11 pages