基于 BWT 变体的轻量级压缩索引合并
数据结构与算法
2019-03-06 v1
摘要
本文提出一种灵活且轻量级的压缩索引合并技术，基于 Burrows-Wheeler 变换（BWT）的变体，从而满足使用有限工作内存计算大规模集合上压缩索引的算法需求。合并过程使得能够采用增量策略，通过合并渐进增大的子集合的索引来构建大型索引。从已知的轻量级 BWT 合并算法 [Holt and McMillan, Bioinformatics 2014] 出发，我们展示如何对其进行修改，以合并或从零计算最长公共前缀（LCP）数组。随后我们将该技术扩展至合并压缩 trie 和循环/置换压缩索引，这两种压缩数据结构此前尚无已知的合并算法。
引用
@article{arxiv.1903.01465,
title = {Lightweight merging of compressed indices based on BWT variants},
author = {Lavinia Egidi and Giovanni Manzini},
journal= {arXiv preprint arXiv:1903.01465},
year = {2019}
}
备注
23 pages. A preliminary version appeared in Proc. SPIRE 2017, Springer Verlag LNCS 10508. arXiv admin note: text overlap with arXiv:1609.04618