朊病毒疾病中寡聚体中间体的模拟

我们扩展了先前基于随机元胞自动机的模型，用于模拟神经元表面朊病毒蛋白的区域聚集。新的各向异性模型允许我们模拟蛋白质之间的强β-折叠和较弱的附着键。限制结合方向使我们能够生成具有最近体外实验中观察到的六方晶格对称性的聚集体结构。我们认为，这些规则约束可能对应于聚集过程中潜在的位阻约束。我们发现，单体主导的区域聚集体生长过于缓慢，无法解释从数据推断出的某些倍增时间与潜伏期时间之比，因此我们考虑了由相对稳定但无感染性的寡聚体中间体主导的聚集。我们将寡聚体聚集的动力学理论分析与该过程的空间显式模拟进行了比较。我们发现，在适当的寡聚体错误折叠规则（可能是由于周围聚集体的水排斥作用）下，所得的寡聚体聚集模型映射到我们之前的单体聚集模型上。因此，它可以为描述朊病毒潜伏期数据提供一些相同的吸引人的特性。我们提出了检验寡聚体聚集模型的实验。