用于识别增强子相关转录因子结合的带符号迭代随机森林
机器学习
2023-07-17 v2 机器学习
摘要
标准的 ChIP-seq 峰呼叫流程试图将单个基因组元件的生化可重复信号与背景噪声区分开来。然而，可重复性本身并不意味着功能调控（例如增强子激活、可变剪接）。在此我们提出一种通用、可解释的机器学习方法：带符号迭代随机森林（siRF），我们用它来推断黑腹果蝇（Drosophila melanogaster）中转录因子之间的调控相互作用以及增强子元件周围的功能性结合特征。
引用
@article{arxiv.1810.07287,
title = {Signed iterative random forests to identify enhancer-associated transcription factor binding},
author = {Karl Kumbier and Sumanta Basu and Erwin Frise and Susan E. Celniker and James B. Brown and Susan Celniker and Bin Yu},
journal= {arXiv preprint arXiv:1810.07287},
year = {2023}
}