果蝇中连锁选择效应的基因组图谱
种群与进化
2016-08-30 v2
摘要
某一位点的自然选择会塑造连锁位点的遗传变异模式。量化“连锁选择”对遗传多样性水平的影响，对于可靠地推断种群历史、构建适应性目标扫描的零模型以及了解自然选择的动态至关重要。在此，我们引入了第一种方法，能够从全基因组多样性数据、功能注释和遗传图谱中联合推断不同模式连锁选择（ notably 背景选择和选择性清除）的参数。其核心思想是计算在给定局部注释、替换模式和重组率的情况下，一个中性位点具有多态性的概率。然后利用复合似然法跨位点和样本整合信息，以估计不同选择模式的全基因组参数。除了参数估计外，该方法还能生成沿基因组的预期中性多样性水平图谱。为了说明我们方法的实用性，我们将其应用于来自 125 个果蝇（Drosophila melanogaster）品系的全基因组重测序数据，并可靠地预测了 1Mb 尺度上的多样性水平。我们的结果证实了蛋白质和非翻译区（UTR）中存在高比例有益替换的估计值。它们使我们能够区分氨基酸替换周围清除与其他选择模式的贡献，并揭示了非翻译区（UTR）中普遍存在清除的证据。我们的推断进一步表明，非经典清除产生的连锁选择具有显著影响。更广泛地说，我们证明了连锁选择在降低多样性水平及其增加方差方面对黑腹果蝇（D. melanogaster）的影响比此前认识到的更大。
引用
@article{arxiv.1408.5461,
title = {A genomic map of the effects of linked selection in Drosophila},
author = {Eyal Elyashiv and Shmuel Sattath and Tina T. Hu and Alon Strustovsky and Graham McVicker and Peter Andolfatto and Graham Coop and Guy Sella},
journal= {arXiv preprint arXiv:1408.5461},
year = {2016}
}