多物种网络推断改进果蝇早期胚胎发育的基因调控网络重构
基因组学
2015-05-20 v2
摘要
基因调控网络推断利用全基因组转录组测量数据（响应遗传、环境或动态扰动）来预测基因间的因果调控影响。我们假设进化也是一种合适的网络扰动，且整合来自多个近缘物种的数据可以改进基因调控网络的重构。为验证这一假设，我们利用在六个果蝇物种早期胚胎发育过程中测量的 3,610 个基因的时间序列基因表达数据预测了网络，并将预测网络与五个物种中发育转录因子的 ChIP-chip 和 ChIP-seq 相互作用的金标准网络进行了比较。我们发现：(i) 单物种网络的性能独立于测量金标准的物种；(ii) 预测网络之间的差异反映了物种间已知的系统发育和生物学差异；(iii) 相对于所有单物种网络最小化边增益和损失总数的整合共识网络，其表现优于任何单个网络。我们的结果表明，在进化保守的系统中，整合物种间可比实验的数据可改进基因调控网络的推断。这些结果为未来针对文献中可用的其他生物过程的大量多物种基因表达数据集的研究奠定了基础。
引用
@article{arxiv.1407.6554,
title = {Multi-species network inference improves gene regulatory network reconstruction for early embryonic development in Drosophila},
author = {Anagha Joshi and Yvonne Beck and Tom Michoel},
journal= {arXiv preprint arXiv:1407.6554},
year = {2015}
}
备注
10 pages text + 3 figures + 1 table + 2 supplementary figures + 3 supplementary tables