整合基因组分析阐明遗传背景效应的成因与后果
基因组学
2014-06-04 v3 种群与进化
摘要
单个突变的表型效应受其发生的野生型遗传背景调控。尽管这种背景依赖性已被广泛观察到，但我们尚不清楚跨物种和性状是否存在普遍模式，也不了解其潜在机制。我们同样缺乏关于突变如何与遗传背景相互作用以影响基因表达，以及这种影响如何进而介导突变表型的知识。此外，遗传背景如何影响上位性模式仍不明确。为了研究果蝇 (Drosophila melanogaster) 翅膀中 scallopedE3 等位基因的遗传背景依赖性的遗传基础及基因组后果，我们通过渗入作图实验生成了多个新颖的基因组水平数据集，并构建了一个标记 RNA 基因表达数据集。此外，我们对两个常用实验室亲本系进行了全基因组重测序，以预测 SD 的多态性转录因子结合位点。我们将这些数据与先前发表的表达微阵列基因组数据集和修饰突变筛选数据进行了整合。通过寻找在多个数据集中显示一致信号的基因，我们鉴定出一组稳健的候选位点，这些位点有助于 sd 突变的背景依赖性效应。我们还表明，先前报道的大多数背景依赖性修饰是由高阶上位性引起的，而非数量非互补性。这些发现为该系统更详细地研究遗传背景依赖性提供了有用的基础，并且该方法可能证明在探索其他性状的遗传基础方面同样有用。
引用
@article{arxiv.1309.0547,
title = {Causes and Consequences of genetic background effects illuminated by integrative genomic analysis},
author = {Christopher H. Chandler and Sudarshan Chari and David Tack and Ian Dworkin},
journal= {arXiv preprint arXiv:1309.0547},
year = {2014}
}
备注
Accepted in Genetics