自组织临界性：蛋白质物理的魔法棒
软凝聚态物质
2011-02-14 v1
摘要
自组织临界性（SOC）是一个流行的概念，在过去25年中已有超过3000篇文章以此为研究对象。在此我们展示，SOC可能使理论能够将基于网络的标准（BLAST）短程氨基酸相似性与长程氨基酸粗糙化形状因子联系起来，后者精确描述了水-膜蛋白质相互作用的演化趋势。我们的方法利用基于5526个蛋白质片段的亲水性氨基酸度量，从而封装了蛋白质数据库的微分几何特征。它能够轻松组织人类与近缘物种之间微小的氨基酸序列差异。对于与夜视相关、研究最广泛的跨膜信号蛋白视紫红质，它显示短程和长程氨基酸序列特性在人类、猴子、猫、小鼠和兔子中具有96%的相关性。正确应用SOC有望在概念和实践上对指数级复杂的蛋白质序列-结构-功能问题实现前所未有的简化。
引用
@article{arxiv.1102.2433,
title = {Self-Organized Criticality: A Magic Wand for Protein Physics},
author = {J. C. Phillips},
journal= {arXiv preprint arXiv:1102.2433},
year = {2011}
}