自组织临界性：水-蛋白质景观演化的指南
软凝聚态物质
2012-02-24 v2
摘要
我们关注红视锥跨膜蛋白之间小种间差异的标度性质，使用之前应用于视紫红质杆跨膜蛋白的亲水弹性粗糙化工具。该工具基于非欧几里得亲水度量，该度量真实地植根于5526个蛋白质片段的原子坐标，从而封装了蛋白质数据库中包裹球状蛋白质的水膜的非欧几里得长程微分几何特征。而视紫红质蓝杆水膜在人类中最光滑，红视锥视蛋白的水膜在猫和大象中最优化，这与不同背景下蛋白质物种景观的不同演化一致。我们还分析了含有色素体的变色龙、蛇、斑马鱼和金鱼家族中的红视锥视蛋白，发现短程和长程（BLAST和亲水性）氨基酸相关性高达97-99%。我们使用亲水性氨基酸优化来估计人眼可以区分的最大颜色数量Nmax，得到10^6 < Nmax < 10^7，与实验吻合良好。
引用
@article{arxiv.1109.2629,
title = {Self-Organized Criticality: A Guide to Water-Protein Landscape Evolution},
author = {J. C. Phillips},
journal= {arXiv preprint arXiv:1109.2629},
year = {2012}
}