确证家系设计中的二级表型分析：在Leiden Longevity研究中的应用
应用统计
2016-11-15 v1
摘要
病例对照设计常用于检验病例对照状态与遗传变异之间的关联。除主要表型外，还常规记录许多额外性状，称为二级表型，并且通常也研究遗传因子与这些二级性状的关联。在病例对照研究中分析二级表型可能导致遗传效应估计偏倚，特别是当被检验的标记与主要表型关联且所检验的主要与二级表型相关时。文献中已提出几种方法来克服该问题，但它们局限于病例对照研究且不能直接应用于更复杂设计，如多病例家系研究。在这种情况下，恰当的二级表型分析由于家系内相关性以及偏倚抽样设计而变得复杂。我们提出一种新方法以容纳确证过程，同时显式建模家族关系。我们的方法将混合效应模型现有方法与回顾似然框架配对，并使用多元probit模型捕捉混合类型主要与二级表型间的关联。为检验估计的效率和偏倚，我们在主要表型、二级表型和遗传标记间关联的若干情景下进行了模拟。我们将通过分析Leiden Longevity研究（一项调查长寿的多病例家系研究）中甘油三酯水平和葡萄糖（二级表型）与遗传标记的关联来说明该方法。
引用
@article{arxiv.1611.04411,
title = {Secondary Phenotype Analysis in Ascertained Family Designs: Application to the Leiden Longevity Study},
author = {Renaud Tissier and Roula Tsonaka and Simon P. Mooijaart and Eline Slagboom and Jeanine J. Houwing-Duistermaat},
journal= {arXiv preprint arXiv:1611.04411},
year = {2016}
}