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回转半径的标度律及其对疏水性的依赖

生物物理 2007-11-26 v1 化学物理

摘要

生物分子的几何与动力学量的标度律是一个有趣的话题。根据弗洛里(Flory)理论,回转半径与均聚物链长之间存在幂律关系,良溶剂中的指数为 3/5,劣溶剂中为 1/3。对于生理条件下的蛋白质(一种介于两者之间的溶剂条件),获得的幂律指数约为 2/5。本文提出了一个统一公式以涵盖上述所有情况。结果表明,标度指数通常与特定溶剂条件下链的分形维数相关。将该公式应用于蛋白质时,发现其分形维数取决于疏水性。通过将改变链疏水性的物理过程(氨基酸突变)转化为等效的化学过程(通过添加极性或非极性分子改变溶剂极性),我们成功推导了这一关系,并与统计数据合理吻合。这将有助于蛋白质结构预测。我们的结果表明,尽管蛋白质作为异聚物具有特异性,但它可能与均聚物共享相同的基本原理。

关键词

引用

@article{arxiv.0711.3679,
  title  = {Scaling Law for Radius of Gyration and Its Dependence on Hydrophobicity},
  author = {Liu Hong and Jinzhi Lei},
  journal= {arXiv preprint arXiv:0711.3679},
  year   = {2007}
}

备注

7 pages, 8 figures