不完全连锁平衡下全基因组扫描的稳健检验
统计方法学
2010-10-26 v1
摘要
在完全连锁不平衡（LD）下，对于病例对照遗传关联研究的分析，稳健检验通常比Pearson卡方检验和趋势检验具有更高的检验效能。当遗传模型未知时，稳健统计量已被用于候选基因和全基因组关联研究（GWAS）。我们在此考虑更一般的不完全LD模型，并研究了当遗传模型在疾病基因座处定义时，标记基因座处外显率的影响。随后回顾了稳健统计量，并通过在包含300,000个标记的不完全LD模型下的GWAS模拟，比较了它们的效率和稳健性。展示了几种稳健检验在Wellcome Trust病例对照联盟[Nature 447 (2007) 661--678]中的应用。
引用
@article{arxiv.1010.5091,
title = {Robust Tests in Genome-Wide Scans under Incomplete Linkage Disequilibrium},
author = {Gang Zheng and Jungnam Joo and Dmitri Zaykin and Colin Wu and Nancy Geller},
journal= {arXiv preprint arXiv:1010.5091},
year = {2010}
}
备注
Published in at http://dx.doi.org/10.1214/09-STS314 the Statistical Science (http://www.imstat.org/sts/) by the Institute of Mathematical Statistics (http://www.imstat.org)