果蝇 melanogaster 群中的修订注释、性别偏向表达及谱系特异性基因
基因组学
2014-10-03 v2
摘要
在此，我们为 D. ananassae、D. yakuba 和 D. simulans 提供了修订后的基因模型，其中包括 UTR 和经实证验证的内含子 - 外显子边界，以及使用模糊双向最佳命中 (fuzzy reciprocal-best-hit) blast 比对鉴定的直系同源群。利用这些修订后的注释，我们使用 cufflinks 套件进行差异表达测试，以概述生殖组织与躯干之间的差异表达概况。我们在 D. yakuba 和 D. simulans 中鉴定出数千个在不同组织间差异表达的基因，其中 D. yakuba 和 D. simulans 中直系同源基因的表达模式一致性约为 60%。我们识别出若干推定的多顺反子转录本案例，指出了基因组中的转录通读现象以及跨分类群的推定基因融合和分裂事件。此外，我们在每个物种中鉴定出数百个谱系特异性基因，这些基因在任何其他果蝇物种的转录本中均无 blast 命中，它们是新生功能化蛋白质的候选者，也是遗传新颖性的潜在来源。
引用
@article{arxiv.1408.0247,
title = {Revised Annotations, Sex-Biased Expression, and Lineage-Specific Genes in the Drosophila melanogaster group},
author = {Rebekah L. Rogers and Ling Shao and Jaleal S. Sanjak and Peter Andolfatto and Kevin R. Thornton},
journal= {arXiv preprint arXiv:1408.0247},
year = {2014}
}
备注
Revised manuscript, also available online preprint at G3: Genes, Genomes, Genetics. Gene models, ortholog calls, and tissue specific expression results are available at http://github.com/ThorntonLab/GFF or the UCSC browser on the Thornton Lab public track hub at http://genome.ucsc.edu