前分叉序列中的残基分布特征作为 DNA 复制起源的线索

DNA 依赖的 RNA 聚合酶核心亚基 abb' 的保守残基频率与密码子演化第 10.4–11.1 阶段最为匹配。酸性残基（第 2 阶段添加）的过量降低了该估计，但不超过 2.3 个阶段。在 529 个保守残基中仅有 1 个色氨酸（第 14 阶段添加），abb' 显著低估了该氨基酸，与其残基分布特征在遗传密码完成前截止相符。FEN-1 同源物和 DNA 拓扑异构酶 I-5' 的残基分布特征将其起源定在第 11–13 阶段。原核生物分裂蛋白 FtsZ 出现更早，介于第 8–11 阶段。ATP 驱动质子泵中的蛋白脂作为细胞膜形成的标记，表明该事件发生在第 7 阶段附近。推断细胞分裂、DNA 复制和转录起源于最后共同祖先的前细胞先体中。晚形成的残基分布特征刻画了 RNA 依赖的 RNA 复制酶、DNA 聚合酶、逆转录酶和核糖核苷酸还原酶。这表明一些早期过程，包括 RNA 复制和脱氧核苷酸合成，曾依赖于现存残基序列中找不到的催化剂。拓扑异构酶 I 以及合成和修剪 RNA-DNA 杂合体的酶的早期形成，被视为从 RNA 基因组向 DNA 基因组过渡中带有线性 RNA 和 DNA 链的混合双链体的证据。