检测核苷酸序列中重组事件的两阶段方法

遗传重组可在一组同源基因内产生异质的系统发育历史。界定重组事件对于分子进化研究至关重要，因为对此类事件的推断能更清晰地揭示不同基因序列或基因组间的系统发育关系。然而，检测重组事件是一项艰巨的任务，因为不同重组检测方法的性能会随重组后发生的进化事件而变化。我们近期利用模拟核苷酸序列数据评估了重组后事件对重组检测方法预测准确性的影响。主要结论（亦得到其他研究支持）是：在搜寻重组事件时不应依赖单一方法。本文提出了一种两阶段策略，应用三种统计度量来检测核苷酸序列中重组事件的发生，并采用贝叶斯系统发育方法来界定此类事件的断点。我们利用模拟数据评估了这些方法的性能，并展示了该策略在实证数据中的适用性。事实证明，该两阶段策略在处理大型数据集时具有时间效率，并能产生高置信度的结果。