RNA聚合酶回溯恢复中的随机重置
生物物理
2016-06-29 v3 统计力学
摘要
转录是基因表达的关键过程，RNA聚合酶从DNA模板合成互补的RNA拷贝。RNA聚合化常被回溯过程所中断，即聚合酶沿DNA模板进行随机游走。聚合酶从转录非活性的回溯态恢复由一维扩散与RNA切割之间的动力学竞争决定。本文将回溯恢复描述为连续时间随机游走，其中聚合酶从给定深度的回溯中恢复所需时间被描述为随机游走者到达吸收态的首达时间。我们将RNA切割表示为随机重置过程，并推导了恢复时间分布和从给定初始回溯深度出发的平均恢复时间的精确表达式，适用于随机游走的连续和离散晶格描述。我们证明，当一维扩散速率远大于切割速率时，恢复时间统计不依赖于DNA晶格的离散性。
引用
@article{arxiv.1603.06956,
title = {Stochastic resetting in backtrack recovery by RNA polymerases},
author = {Édgar Roldán and Ana Lisica and Daniel Sánchez-Taltavull and Stephan W. Grill},
journal= {arXiv preprint arXiv:1603.06956},
year = {2016}
}
备注
11 pages, 7 figures