欠解析分子动力学的伪生成元
动力系统
2015-10-28 v3
摘要
分子许多具有物理意义的特征（例如分子构象、反应速率）都是通过其在构型空间中的动力学来描述的。本文讨论相空间中的分子动力学向构型空间的投影。具体而言，我们研究相空间动力学由随机 Langevin 方程支配的情形，并探讨其在三种不同标度机制下与构型 Smoluchowski 方程的关系：首先，从 Langevin 方程的过阻尼极限推导出非笛卡尔几何中的 Smoluchowski 方程。其次，利用转移算子方法描述所研究系统的亚稳态行为，并推导出显式的小时间渐近式，据此，Smoluchowski 方程被证明支配着位置坐标的动力学（无需对阻尼作任何假设）。通过使用适当的约化技术，这些考量随后被推广到一维反应坐标。第三，我们概述了三种仅基于时间局部信息来近似亚稳态动力学的不同方法。
引用
@article{arxiv.1502.01191,
title = {Pseudo generators for under-resolved molecular dynamics},
author = {Andreas Bittracher and Carsten Hartmann and Oliver Junge and Péter Koltai},
journal= {arXiv preprint arXiv:1502.01191},
year = {2015}
}