基于混合布谷鸟搜索算法的疏水-极性模型蛋白质折叠模拟
生物大分子
2021-05-28 v1 最优化与控制
摘要
蛋白质是一条包含一组氨基酸的线性链，其自身折叠形成特定的天然结构，亦称最小能量构象。正是天然结构决定了每种蛋白质的功能。蛋白质折叠问题（PFP）仍是计算与化学生物学中最困难的问题之一。PFP的主要挑战是仅依据氨基酸序列预测给定蛋白质的最优构象。即便处理短序列，构象空间也包含极大量构象，为此人们开发并应用了不同的简化模型以降低PFP的复杂度。过去几年中，许多计算方法被提出以解决PFP，它们基于疏水-极性模型等简化晶格模型。本文提出一种新的混合布谷鸟搜索算法（HCSA）来求解三维HP蛋白质折叠优化问题。我们所提算法将布谷鸟搜索算法（CSA）与爬山（HC）算法相结合。文中给出不同基准序列上的仿真结果，并与最先进算法进行比较。
引用
@article{arxiv.2105.13226,
title = {Protein folding simulations in the hydrophobic-polar model using a hybrid cuckoo search algorithm},
author = {Nabil Boumedine and Sadek Bouroubi},
journal= {arXiv preprint arXiv:2105.13226},
year = {2021}
}