季节性流感病毒抗原表型的预测、动态与可视化
种群与进化
2016-04-27 v1
摘要
人类季节性流感病毒演化迅速，使病毒种群能够逃避免疫并重新感染先前感染过的个体。抗原特性很大程度上由表面糖蛋白血凝素（HA）决定，而HA中暴露表位位点的氨基酸替换介导了抗体识别的丧失。在此，我们展示通过血清学检测数据测量的抗原差异，可以很好地由连接系统发育树中病毒路径上的抗原变化之和来描述。这种向树上的映射允许仅从HA序列数据预测抗原性。该映射可进一步用于预测未来季节性流感病毒种群的组成，我们在具有血清学和序列数据的模型之间比较了预测结果。为了使模型输出及时可用，我们开发了一个基于网页浏览器的应用程序，在持续更新的系统发育树上可视化抗原数据。
引用
@article{arxiv.1510.01195,
title = {Prediction, dynamics, and visualization of antigenic phenotypes of seasonal influenza viruses},
author = {Richard A. Neher and Trevor Bedford and Rodney S. Daniels and Colin A. Russell and Boris I. Shraiman},
journal= {arXiv preprint arXiv:1510.01195},
year = {2016}
}
备注
visualization available at http://HI.nextflu.org