迁移与疫苗接种压力下流感病毒神经氨酸酶 (A/H1N1) 的间断进化
生物大分子
2012-09-14 v2
摘要
流感病毒包含两种高度可变的外膜糖蛋白：血凝素 (HA) 和神经氨酸酶 (NA)。负责将病毒结合至被感染细胞的 HA，其结构与特性在病毒从禽类或猪类物种传播给人类时会发生显著变化。本文聚焦于 NA 中更小尺度的人类个体进化氨基酸突变，NA 可切割唾液酸基团且为流感病毒复制所必需。我们表明，利用亲水性标度量化水膜包裹的粗糙度，可以非常准确地监测许多 Uniprot 和 NCBI 毒株中极微小的氨基酸变化。基于蛋白质自组织临界性 (SOC) 的差异亲水性标度在进行定量序列分析时最为有效。NA 在分子尺度上表现出间断进化，该尺度比熟悉的物种尺度小数百万倍，比基因组尺度小数千倍。我们的分析表明，大规模疫苗接种计划导致了上个世纪流感严重程度的大幅收敛性降低，而这一降低在关于疫苗有效性的短期研究中往往被掩盖。亲水性分析能够解释甚至预测高突变病毒中功能变化的趋势。
引用
@article{arxiv.1209.2616,
title = {Punctuated evolution of influenza virus neuraminidase (A/H1N1) under migration and vaccination pressures},
author = {J. C. Phillips},
journal= {arXiv preprint arXiv:1209.2616},
year = {2012}
}