基于第一性原理方法的 CTCF 结合位点预测与比较分析
生物物理
2021-10-22 v1
摘要
我们基于第一性原理方法计算了多种基因组中 CCCTC 转录因子(CTCF)结合位点的模式。第一性原理方法的验证在人基因组和小鼠基因组上完成。预测的人 CTCF 结合位点与一致序列、K562 细胞的 ChIP-seq 数据、IMR90 细胞的核小体位置以及小鼠 HOXA 基因中的 CTCF 结合位点一致。对 Homo sapiens、Mus musculus、Sus scrofa、Capra hircus 和 Drosophila melanogaster 全基因组的分析表明:结合位点以簇状群组组织,其中两个连续位点服从幂律,系数范围从 到 ;这些群组之间的距离从 kbp 到 kbp 不等。Aedes aegypti 的基因组未显示幂律,但 的结合位点彼此相距 和 bp。我们进行了阴性测试,确认了 CTCF 结合位点在 Caenorhabditis elegans、Plasmodium falciparum 和 Arabidopsis thaliana 完整基因组中的代表性不足。
引用
@article{arxiv.2110.10508,
title = {Prediction and Comparative Analysis of CTCF Binding Sites based on a First Principle Approach},
author = {Nestor Norio Oiwa and Kunhe Li and Claudette E. Cordeiro and Dieter W. Heermann},
journal= {arXiv preprint arXiv:2110.10508},
year = {2021}
}