CTCF 降解导致小鼠胚胎干细胞中上游外显子使用增加
基因组学
2018-10-09 v1
摘要
转录抑制因子 CTCF 是染色质三维结构的重要调控者，促进拓扑关联结构域（TADs）的形成。然而，其对基因调控的直接效应尚不清楚。在此，我们利用已发表的 ChIP-seq 和 RNA-seq 数据，研究 CTCF 对含有 CTCF 位点的基因可变剪接的影响。我们在小鼠胚胎干细胞中诱导 CTCF _auxin 降解后，比较了结合位点上游和下游外显子中的 RNA-seq 信号量。我们发现 CTCF 耗竭后基因表达的变化显著，上游外显子的存在普遍增加。我们推断，CTCF 结合促进可变剪接的一种可能机制是引起转录机制暂停，在此期间剪接元件能够同时作用于已转录为 RNA 的上游外显子。
引用
@article{arxiv.1810.03205,
title = {CTCF Degradation Causes Increased Usage of Upstream Exons in Mouse Embryonic Stem Cells},
author = {Boyi Yang and Nabil Aounallah},
journal= {arXiv preprint arXiv:1810.03205},
year = {2018}
}
备注
9 pages, 4 figures, submitted to Genomics, Proteomics & Bioinformatics