系统发育样本中检验生殖值比值的功效与样本量计算
种群与进化
2023-06-13 v2 应用统计
统计方法学
摘要
我们从病原体序列数据所作推断的质量，取决于用于驱动该推断的病原体序列的数量与构成。然而，当最终目标是系统发育推断时，关于如何最好地构建研究并对其进行功效分析的指导仍然有限。我们可以用分子数据尝试回答的一个问题是：是否某些人比其他人更可能传播病原体。在此，我们提出一个估计量，利用由分子数据关联的传输对来量化差异传播（以具有不同特征人群间生殖数之比衡量），并给出该估计量的样本量计算。我们还提供了对方法的扩展，以校正传输关联对的不完美识别、传输过程中的过度离散以及组间不平衡。我们通过模拟验证了该方法，并在 R 包 phylosamp 中提供了实现工具。
引用
@article{arxiv.2305.12184,
title = {Power and sample size calculations for testing the ratio of reproductive values in phylogenetic samples},
author = {Lucy D'Agostino McGowan and Shirlee Wohl and Justin Lessler},
journal= {arXiv preprint arXiv:2305.12184},
year = {2023}
}