焦散的物理与蛋白质折叠:数学平行性
数学物理
2011-08-22 v1 math.MP
生物物理
化学物理
摘要
蛋白质折叠的能量来源于多种途径,且总量不大。尽管能量景观及其他方法取得了许多具体成功,但似乎仍缺失某种引导因素,来解释来自各种微小源的能量如何驱使复杂分子达到唯一状态。我们探索了缺失因素在于几何性质的可能性。将折叠与其他物理现象进行比较,并结合分子的解析建模,促使我们并排分析了光学焦散形成的物理与折叠行为。折叠与焦散的物理表面上截然不同,但存在若干强烈的平行性。这种比较突出了数学上的相似性,也指出了差异所在。自20世纪70年代以来,光学焦散的物理已利用突变理论发展到了极高的数学精深程度。这种突变理论的定量应用此前未曾应用于折叠,也未识别或利用过与光学的相似之处。焦散与折叠之间假定的潜在物理联系是一种具有非常数波速的扭转波,它在该分子的解析模型中发现的二面角和上传播。无论我们是否正确识别了潜在联系,焦散形成与折叠之间的类比都是强烈的,且物理上的平行性(及差异)是有用的。
引用
@article{arxiv.1108.2740,
title = {Physics of Caustics and Protein Folding: Mathematical Parallels},
author = {Walter Simmons and Joel L. Weiner},
journal= {arXiv preprint arXiv:1108.2740},
year = {2011}
}
备注
14 pages (pdf file)