利用组蛋白修饰进行细胞类型的系统发育分析
定量方法
2013-07-31 v1
摘要
在细胞分化过程中，尽管所有细胞拥有相同的基因组，但特异性较低的细胞会转变为特异性较高的细胞。转录因子和表观遗传标记（如组蛋白修饰）在分化过程中可发挥重要作用。在本文中，我们提出了一种基于 ChIP-Seq 组蛋白修饰数据的系统发育推断，对细胞类型和分化路径进行简单分析。我们提出了针对 ChIP-Seq 数据的新数据表示技术和新距离度量，并将这些技术与标准系统发育推断方法结合，构建具有生物学意义的树，以指示不同细胞类型之间的关系。我们利用 37 种和 13 种细胞类型的 H3K4me3 和 H3K27me3 数据分别展示了我们的方法，利用该数据集探讨了围绕重复数据、同类型细胞间的变异性以及鲁棒性的各种问题。我们获得的令人鼓舞的结果为研究细胞分化指明了一种新途径。
引用
@article{arxiv.1307.7919,
title = {Phylogenetic Analysis of Cell Types using Histone Modifications},
author = {Nishanth Ulhas Nair and Yu Lin and Philipp Bucher and Bernard M. E. Moret},
journal= {arXiv preprint arXiv:1307.7919},
year = {2013}
}
备注
Peer-reviewed and presented as part of the 13th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI2013)