用于单细胞表达分析的物种树、基因树与细胞树的统一
种群与进化
2023-07-07 v1
摘要
跨物种的单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)数据比较可揭示细胞基因表达与细胞功能、特征和表型演化之间的联系。这些比较援引以系统发育树描绘的演化历史,定义物种、基因和细胞间的关系。在此我们阐释一个用于比较 scRNA-seq 数据的基于树的框架,并将该框架与现有方法进行对比。我们描述如何利用树基于其与共同祖先中存在的基因和细胞的预测关系来识别同源且可比较的基因与细胞组。我们主张将数据映射到系统发育树的枝上以检验关于细胞基因表达演化的假设。我们描述可比较的数据种类,以及每次比较有望解决的问题类型。最后,我们将物种系统发育、基因系统发育、细胞系统发育和细胞谱系调和为同一概念的不同表征:细胞生命之树。通过将系统发育方法整合进 scRNA-seq 分析,我们可克服跨物种构建知情比较的挑战,并稳健地检验关于基因与细胞演化的假设。
引用
@article{arxiv.2307.02561,
title = {Unification of species, gene, and cell trees for single-cell expression analyses},
author = {Samuel H. Church and Jasmine L. Mah and Casey W. Dunn},
journal= {arXiv preprint arXiv:2307.02561},
year = {2023}
}
备注
16 pages, 4 figures