Caudoviricetes下的噬菌体科分类：基于最新ICTV分类框架的现有工具综述

噬菌体是感染细菌的病毒，是生物圈中最普遍且最具多样性的实体。越来越多的证据揭示其在塑造各类微生物组结构中的重要作用。得益于（病毒）宏基因组测序，大量新噬菌体被发现。然而，缺乏标准和自动化的病毒分类流程，新病毒的分类学表征严重滞后于测序工作。特别是，根据最新版ICTV，先前分类系统中的几个大型噬菌体科被移除。因此，在新标准下对分类学工具进行全面综述与比较以确立当前最优水平是必要的。本工作中，我们在新标注的数据库上重新训练并测试了四种近期发布的工具。我们展示了其实用性，并在多个数据集上进行了测试，包括RefSeq、短重叠群、模拟宏基因组数据集和低相似度数据集。本研究提供了不同场景下噬菌体科分类的全面综述以及选择适当分类学分类流程的实用指导。据我们所知，这是在新ICTV分类框架下进行的首次综述。结果表明，新科分类框架总体上导致更好保守的群组，从而使科水平分类更为可行。