叠加物种森林

渐渗是一个进化过程，其中基因或其他类型的遗传物质被引入基因组。它是一种重要的进化过程，例如可在物种形成中发挥根本作用。近来引入了叠加物种森林的概念以表示渐渗历史。基本上，该方法取一个推定的基因历史（以系统发育基因树形式）并尝试将其叠加到通常由若干目标物种的谱系树组成的集合（森林）上。结果是一个称为叠加物种森林的网络，其中基因在谱系间跳跃或渐渗。本文研究叠加物种森林的性质，表明其与侧向基因转移模型、最大简约法以及系统发育网络展开具有多种联系。特别地，我们证明了一个称为 OSF-B UILDER 的用于构建叠加物种森林的算法可保证产生具有最小渐渗数的特殊类型叠加物种森林，并给出了可由叠加物种森林产生的网络的若干刻画。我们期望这些结果有助于开发表示渐渗历史的新方法，这是系统发育学中日益受关注的领域。