从本构状态几何优化预测折叠速率与过渡态位置

Cristian Micheletti

从本构状态几何优化预测折叠速率与过渡态位置

统计力学 2007-05-23 v1 软凝聚态物质生物大分子

作者: Cristian Micheletti

摘要

多项实验和理论研究已确立单链蛋白的折叠过程受本构态拓扑的强烈影响。特别是折叠时间与接触顺序（即接触局域性的度量）之间存在很好的相关性。我们的研究聚焦于识别与实验可测量量（如折叠速率和过渡态位置）相关的额外拓扑属性，这些属性适用于两种和三状态折叠体。对四十个实验数据的验证表明，一种特定的拓扑属性——即衡量接触之间相互依赖性的度量，称为“cliquishness”或聚类系数——能够以相当准确的精度解释过渡态位置，尤其是折叠速率，其线性相关系数为 $r=0.71$ 。通过对 cliquishness 与接触顺序捕获的不同拓扑信息进行最优组合，可将此结果进一步提高到 $r=0.74$ 。

关键词

蛋白折叠接触顺序 cliquishness 聚类系数过渡态位置

引用

@article{arxiv.cond-mat/0202090,
  title  = {Optimal prediction of folding rates and transition state placement from native state geometry},
  author = {Cristian Micheletti},
  journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0202090},
  year   = {2007}
}

备注

Revtex, 15 pages, 8 figures

从本构状态几何优化预测折叠速率与过渡态位置

摘要

关键词

引用

备注

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