CRISPR阵列中间隔序列的最优数量
种群与进化
2017-12-22 v1
摘要
我们估计了细菌CRISPR阵列中使其抵御病毒攻击能力最大化的间隔序列数量。最优性源于两种趋势之间的竞争：过少的独特间隔序列使细菌易受具有相应突变原型间隔序列的病毒攻击，而过多的间隔序列种类会稀释装备有最新、因而最有效间隔序列的CRISPR复合物的数量。我们首先在单一病毒物种感染的简单场景下评估最优间隔序列数量，随后考虑多种病毒物种的更一般情况。我们发现，根据CRISPR-CAS干扰复合物的浓度及其优先装备最近获得间隔序列的偏好、病毒突变率以及病毒物种数量等参数，预测的最优阵列长度处于一个从近期实验角度看相当合理的范围内。
引用
@article{arxiv.1705.10424,
title = {Optimal number of spacers in CRISPR arrays},
author = {Alexander Martynov and Konstantin Severinov and Yaroslav Ispolatov},
journal= {arXiv preprint arXiv:1705.10424},
year = {2017}
}
备注
26 pages, 8 figures