关于在平均力势计算中使用局部扩散模型进行路径系综平均
统计力学
2015-06-25 v1
摘要
我们使用真空中十丙氨酸拉伸的恒速引导分子动力学（SMD）模拟来演示一种技术，该技术可用于利用SMD模拟产生的时间序列创建替代随机过程。替代过程的构建首先沿SMD轨迹估计一系列局部参数模型，然后通过平滑样条将局部模型拼接起来构建一个全局模型（通过似然函数近似使估计在计算上可行）。然后对校准后的替代模型进行“自举”，以模拟通常需要的大量功路径，从而通过Jarzynski功定理构建平均力势（PMF）。当对少量SMD路径重复此过程时，结果表明全局模型似乎来自一个紧密相关的扩散过程族。本文还简要讨论了利用这一观察结果的可能技术。本文的发现对于计算成本高昂的计算机模拟和涉及光镊的实验工作具有潜在的相关性，在这些工作中难以收集大量样本，但可以随时间进行准确且频繁的采样。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0606458,
title = {On the Use of Local Diffusion Models for Path Ensemble Averaging in Potential of Mean Force Computations},
author = {Christopher P. Calderon},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0606458},
year = {2015}
}
备注
working paper (33 pages, 11 figures)