随机力终究是力，粗粒化之力：用替代模型分解复杂酶动力学

利用一组替代模型分析了与监测酶构象涨落的序参量相关的时间自相关函数。所考虑的替代模型是现象学随机微分方程模型。我们展示了这样一个替代模型集合，每个替代模型均从单条轨迹校准，如何间接包含未解析的构象自由度的信息。该集合可用于构建与“非马尔可夫”过程相关的复杂时间自相关函数。替代模型集合方法允许研究者考虑比指数混合更灵活的模型来描述弛豫时间，同时获得关于系统的物理信息。还讨论了此类分析与将单分子实验与计算机模拟相匹配的相关性，以及更复杂的随机过程如何从更简单过程的混合中涌现。这些思想通过一个玩具随机微分方程模型和酶二氢叶酸还原酶的分子动力学模拟进行了说明。