论时间滞后独立分量在相似分子动力学系统间的可迁移性
生物大分子
2017-10-03 v1 生物物理
化学物理
摘要
降维技术在需要分析高维数据集的广泛领域中取得了巨大成功。时间滞后独立分量分析（TICA）寻找具有最大自相关性的独立分量，常被应用于原子生物分子模拟中，其中完整的分子构型可以投影到仅描述最慢运动模式的少数几个 TIC 上。最近，Sultan 和 Pande 提出将 TIC 作为增强采样的集体变量。然而，目前尚不清楚先验地估计系统 TIC 的最佳策略是什么。为了评估在一个系统上计算的 TIC 在描述相似系统慢动力学方面的效用，我们开发了一种测量 TIC 可迁移性的方法，并将其应用于广泛的系统。我们发现迁移的 TIC 可以惊人地近似某些系统的最慢动力学，而在其他系统集之间则无法迁移，这凸显了预测 TIC 可迁移性的固有困难。此外，我们在相似的势能面上使用二维布朗动力学模拟，以深入了解 TIC 可迁移性与势能面变化之间的关系。
引用
@article{arxiv.1710.00443,
title = {On the transferability of time-lagged independent components between similar molecular dynamics systems},
author = {Alexander S. Moffett and Diwakar Shukla},
journal= {arXiv preprint arXiv:1710.00443},
year = {2017}
}