论蛋白质对配体的极化作用
化学物理
2020-06-30 v1 软凝聚态物质
生物物理
摘要
尽管许多蛋白质的配体结合位点含有高数密度的带电侧链，可极化小有机分子并影响结合，但这一效应的量级在许多体系中尚未被研究。在此，我们采用量子力学/分子力学（QM/MM）方法，其中配体为 QM 区域，计算了来自 PDBBind Core Set（2016 年发布）的 286 个蛋白质-配体复合物的配体极化能。我们观察到，配体极化能与作用于配体的电场大小、诱导偶极矩大小以及经典极化能均呈线性相关。蛋白质与阳离子电荷对配体极化的影响随距离衰减，在 9 处低于 2 kcal/mol，在 12 处低于 1 kcal/mol。在某些晶体学复合物中，同时考虑极化与溶剂化似乎对计算负结合能至关重要。溶剂化（而非极化）对于与实验结合自由能达到中等程度的相关性必不可少。
引用
@article{arxiv.2001.08326,
title = {On the Polarization of Ligands by Proteins},
author = {Soohaeng Yoo Willow and Bing Xie and Jason Lawrence and Robert S. Eisenberg and David D. L. Minh},
journal= {arXiv preprint arXiv:2001.08326},
year = {2020}
}