基于线性标度 DFT+U 的肌红蛋白配体鉴别
化学物理
2013-05-24 v1 强关联电子
生物物理
生物大分子
摘要
肌红蛋白通过氢键及与邻近残基的立体相互作用，调节双原子分子与其血红素基团的结合，是生物分子计算研究的重要基准。我们利用线性标度密度泛函理论（DFT）和 DFT+U 方法，对血红素结合位点及相当比例的蛋白质环境（超过 1000 个原子）进行了计算，以修正与局域化 3d 态相关的自相互作用误差。我们证实了鉴别效应的氢键本质（3.6 kcal/mol），并确认了储存在蛋白质中的相对应变能较低的假设（小于 1 kcal/mol）。我们的计算显著拓宽了解决药物设计和酶学问题的范围，特别是在电子局域化、变构效应或长程极化影响配体结合和反应的情况下。
引用
@article{arxiv.1305.5532,
title = {Ligand Discrimination in Myoglobin from Linear-Scaling DFT+U},
author = {Daniel J. Cole and David D. O'Regan and Mike C. Payne},
journal= {arXiv preprint arXiv:1305.5532},
year = {2013}
}
备注
15 pages, 3 figures. Supplementary material 8 pages, 3 figures. This version matches that accepted for J. Phys. Chem. Lett. on 10th May 2012