逐步突变分配至系统发育树的群论背景
种群与进化
2011-10-19 v1 群论
摘要
在最近的一篇论文中，Klaere 等人利用所谓的单步突变（OSM）矩阵来建模替换对系统发育树任意分支上比对位点的影响。通过将 OSM 矩阵概念用于四态核苷酸字母表，Nguyen 等人提出了一个高效程序来计算将一个比对位点转换为另一个所需的最小替换数。本文给出了这一计算的证明。此外，我们对 OSM 矩阵向多态字母表的推广提供了若干数学洞见。OSM 矩阵的构造仅当代表作用于字符状态上的替换类型的矩阵与单位矩阵关于矩阵乘法构成交换群时才可能。我们说明了一种为二十态氨基酸字母表建立这种群的方法，并对其生物学用途进行了批判性讨论。
引用
@article{arxiv.1110.3943,
title = {On the group theoretical background of assigning stepwise mutations onto phylogenies},
author = {Mareike Fischer and Steffen Klaere and Minh Anh Thi Nguyen and Arndt von Haeseler},
journal= {arXiv preprint arXiv:1110.3943},
year = {2011}
}