关于配对 de Bruijn 声音环问题的 NP 难解性
数据结构与算法
2013-07-31 v1 定量方法
摘要
配对 de Bruijn 图是 de Bruijn 图的扩展，由 Mevdedev 等人提出，用于在基因组组装中整合配对末端信息。然而，与普通 de Bruijn 图不同，配对 de Bruijn 图中的并非每条路径或环都能拼写出一个字符串，因为路径上存在额外的声音性约束。在本文中，我们证明了在一般情况下，检查配对 de Bruijn 图中是否存在声音环的问题是 NP 难的。我们还探讨了其一些特殊情况，以及环必须经过每条边的修改版本。
引用
@article{arxiv.1307.7806,
title = {On NP-Hardness of the Paired de Bruijn Sound Cycle Problem},
author = {Evgeny Kapun and Fedor Tsarev},
journal= {arXiv preprint arXiv:1307.7806},
year = {2013}
}
备注
Peer-reviewed and presented as part of the 13th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI2013)