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完整基因组中编码和非编码片段长度序列的多重分形表征

生物物理 2009-11-07 v1 q-bio

摘要

通过多重分形分析来表征由完整基因组构建的编码和非编码长度序列。计算了细菌的编码和非编码长度序列的维数谱 DqD_{q} 及其导数“类似”比热 CqC_{q},其中 qq 是序列配分函数的矩阶。从 DqD_{q}CqC_{q} 曲线的形状可以看出,所有被考虑的生物体的编码/非编码长度序列与完全随机序列之间存在明显差异。对于细菌,非编码长度序列的复杂性高于编码长度序列。几乎所有编码长度序列的 DqD_{q} 曲线都是平坦的,因此它们的多重分形性很小,而几乎所有非编码长度序列的 DqD_{q} 曲线都呈多重分形样。我们建议根据其非编码长度序列的 CqC_{q} 曲线类型对细菌进行表征。

关键词

引用

@article{arxiv.physics/0108053,
  title  = {Multifractal characterisation of length sequences of coding and noncoding segments in a complete genome},
  author = {Zu-Guo Yu and Vo Anh and Ka-Sing Lau},
  journal= {arXiv preprint arXiv:physics/0108053},
  year   = {2009}
}

备注

15 pages with 5 figures, Latex, Accepted for publication in Physica A