基于细致平衡反应网络的对数仿射模型最大似然估计
分子网络
2025-10-06 v3 代数几何
动力系统
摘要
分子计算领域的一个基本问题是生化系统能够执行何种计算任务。本文聚焦于对数仿射模型的最大似然估计（MLE）问题。我们重新审视了 Gopalkrishnan 提出的一个构造，该构造将 MLE 作为其唯一正稳态的质量作用系统，其基础是为模型设计矩阵的核选择一组基。我们将此构造扩展至允许核的任意有限生成集，并探讨了生成集的选择如何影响所得网络的动力学，包括边界稳态的存在性、网络的亏差以及收敛速率。特别地，我们证明了使用 Markov 基作为生成集可保证 MLE 稳态的全局稳定性。
引用
@article{arxiv.2411.07986,
title = {Maximum likelihood estimation of log-affine models using detailed-balanced reaction networks},
author = {Oskar Henriksson and Carlos Améndola and Jose Israel Rodriguez and Polly Y. Yu},
journal= {arXiv preprint arXiv:2411.07986},
year = {2025}
}
备注
25 pages, 5 figures. Improved exposition. To appear in J. Math. Biol