通过链分离实现的siRNA成熟：转向分子动力学研究
生物大分子
2019-10-10 v1 软凝聚态物质
生物物理
摘要
RNA干扰，特别是siRNA诱导的基因沉默，正成为现代治疗的重要途径。siRNA作为短双螺旋RNA被递送至细胞，其变为单链以形成RISC复合物。除两条链分离过程外，大多数步骤都有显著的实验证据。我们试图利用转向分子动力学模拟理解双链siRNA（dsRNA）到单链（ssRNA）分子的路径。由于该过程完全未被探索，我们从所有可能方向施加力并约束所有可能残基以将dsRNA转变为ssRNA。我们发现沿螺旋轴方向拉动一条链并约束另一条链远端形成ssRNA需要过大力量。拉动一条链的中心残基，方向垂直于螺旋轴，同时保持碱基配对残基固定，需要中等力量用于链分离。此外我们发现该过程中第一个气泡形成（成核能）的力需求相当高，而气泡传播能量相当小。我们推测这可能是细胞内蛋白质所采用的行动模式。
引用
@article{arxiv.1910.03778,
title = {Maturation of siRNA by strand separation: Steered Molecular dynamics study},
author = {Rakesh K Mishra and Sanchita Mukherjee and Dhananjay Bhattacharyya},
journal= {arXiv preprint arXiv:1910.03778},
year = {2019}
}
备注
25 pages, 7 figures