投影有什么问题？高斯滤波恢复隐藏构象状态
软凝聚态物质
2026-02-25 v1 生物物理
计算物理
数据分析、统计与概率
摘要
为了解释分子动力学（MD）仿真，通常会将分子坐标的维度降低到低维集合变量 。将高维 MD 数据投影到 上会得到自由能景观 ，它突出了对应构象状态的低能区。然而，由于投影人为因素，精确定义这些状态往往受阻，导致人工缩短状态寿命，甚至完全从分析中消失状态。对于二维玩具模型，高斯低通滤波高维 MD 坐标可恢复底层自由能景观，从而恢复先前被隐藏的状态。应用于 HP35 的全原子折叠轨迹后，微状态数量增加了一个数量级，这导致构象状态更持久且在结构上明显更好定义，甚至优于动态核心状态轨迹。
引用
@article{arxiv.2602.21006,
title = {Lost in Projection? Gaussian Filtering Recovers Hidden Conformational States},
author = {Sofia Sartore and Daniel Nagel and Georg Diez and Gerhard Stock},
journal= {arXiv preprint arXiv:2602.21006},
year = {2026}
}