染色质的局部体积浓度、堆积域与标度性质
生物物理
2024-06-17 v3 计算物理
摘要
我们基于随机规则与物理相互作用提出染色质结构的自返回排除体积（SR-EV）模型。SR-EV 的返回规则生成了单细胞成像技术所观测到的构象确定域。从核小体到染色体尺度，该模型将整体染色质组织刻画为一个波纹状系统，致密与稀疏区域交替出现，类似于两种无序双连续相的混合。这一特殊组织拓扑源于细胞核内发生的多重相互作用与过程，并由所提出的返回规则所模拟。单构型性质与系综平均显示，理论与实验结果在染色质体积浓度、接触概率、堆积域识别与尺寸表征以及堆积标度行为等方面具有稳健的一致性。模型与实验结果提示，无论细胞特征如何，且即便面对如 Rad21 降解这样的外力作用，染色质仍存在一种固有的组织方式。
引用
@article{arxiv.2310.02257,
title = {Local Volume Concentration, Packing Domains and Scaling Properties of Chromatin},
author = {Marcelo Carignano and Martin Kröger and Luay Almassalha and Vasundhara Agrawal and Wing Shun Li and Emily M. Pujadas and Rikkert J. Nap and Vadim Backman and Igal Szleifer},
journal= {arXiv preprint arXiv:2310.02257},
year = {2024}
}