LabPipe：一个用于简化代谢组学数据与元数据管理的可扩展信息学平台
计算工程、金融与科学
2019-10-30 v1
摘要
摘要：临床代谢组学研究中的数据管理常常不足。为改善这一状况，我们创建了 LabPipe，以提供针对特定研究的样本采集的引导式、可定制化方法。它通过一个本地客户端驱动，该客户端管理流程并通过受访问控制的 Web API 将本地数据推送到远程服务器。该平台能够支持跨多个站点/研究的不同采样方法的数据管理，现已成为在 EPSRC/MRC 资助的 East Midlands Breathomics Pathology Node 本地支持临床代谢组学的重要研究管理组件。可用性与实现：LabPipe 可在 http://labpipe.org 免费下载，采用非商业开源许可证（NPOSL 3.0），并附有文档与安装说明。联系方式：[email protected]
引用
@article{arxiv.1910.13246,
title = {LabPipe: an extensible informatics platform to streamline management of metabolomics data and metadata},
author = {Bo Zhao and Luke Bryant and Michael Wilde and Rebecca Cordell and Dahlia Salman and Dorota Ruszkiewicz and Wadah Ibrahim and Amisha Singapuri and Tim Coats and Erol Gaillard and Caroline Beardsmore and Toru Suzuki and Leong Ng and Neil Greening and Paul Thomas and Paul S. Monks and Christopher Brightling and Salman Siddiqui and Robert C. Free},
journal= {arXiv preprint arXiv:1910.13246},
year = {2019}
}
备注
3 pages, 1 figure