MetaboTools：用于分析基因组规模代谢模型的综合工具箱
分子网络
2016-06-10 v1 细胞行为
摘要
代谢组学数据集提供了细胞表型的直接读数，并且越来越多地被生成以用于研究生物学问题。我们先前的工作揭示了在约束建模框架下，将胞外代谢组学数据与代谢模型相结合进行分析的潜力。通过这项由协议、工具箱和两个用例教程组成的工作，我们将我们的方法提供给更广泛的科学界。该协议以分步方式描述了数据整合与计算分析的工作流程。MetaboTools 包含完成该协议中所述工作流程所需的 Matlab 代码。教程解释了整合两个不同数据集的计算步骤，并演示了一套用于代谢模型计算分析及其向不同表型分层的方法。所提出的工作流程支持多组学数据集的整合分析。重要的是，所有分析工具均可应用于代谢模型，而无需执行整个工作流程。总而言之，该协议构成了胞外代谢组学数据模型内分析的全面指南，并为广泛的生物医学和非生物医学研究界提供了一套广泛的计算分析工具资源。
引用
@article{arxiv.1606.02860,
title = {MetaboTools: A comprehensive toolbox for analysis of genome-scale metabolic models},
author = {Maike K. Aurich and Ronan M. T. Fleming and Ines Thiele},
journal= {arXiv preprint arXiv:1606.02860},
year = {2016}
}